ตามหลักการทำงานและโครงสร้างภายใน คอมเพรสเซอร์ไฮโดรเจนสามารถแบ่งได้เป็นสองประเภท: คอมเพรสเซอร์เชิงกลและคอมเพรสเซอร์ที่ไม่ใช่เชิงกล- คอมเพรสเซอร์แบบเครื่องกล ได้แก่-คอมเพรสเซอร์ที่ขับเคลื่อนด้วยของเหลว คอมเพรสเซอร์แบบไดอะแฟรม คอมเพรสเซอร์เชิงเส้น และเครื่องอัดของเหลวแบบไอออนิก คอมเพรสเซอร์ที่ไม่ใช่-เชิงกล ได้แก่ ปั๊มของเหลวแบบแช่แข็ง คอมเพรสเซอร์เมทัลไฮไดรด์ คอมเพรสเซอร์ไฮโดรเจนเคมีไฟฟ้า และเครื่องอัดดูดซับ ปัจจุบัน สถานีเติมเชื้อเพลิงไฮโดรเจนส่วนใหญ่ในจีนใช้คอมเพรสเซอร์ที่ขับเคลื่อนด้วยของเหลว-และไดอะแฟรมคอมเพรสเซอร์
คอมเพรสเซอร์ไฮโดรเจนมีโครงสร้างที่ค่อนข้างซับซ้อน ส่วนประกอบหลัก ได้แก่ กระบอกสูบ ปลอกสูบ ฝาสูบ เพลาข้อเหวี่ยง ก้านสูบ ครอสเฮด ลูกสูบ วาล์ว และอุปกรณ์เสริม เช่น ตัวกรองก๊าซ แดมเปอร์ และท่อหล่อลื่น เช่นเดียวกับคอมเพรสเซอร์แบบลูกสูบอื่นๆ กระบวนการการทำงานของคอมเพรสเซอร์ไฮโดรเจนประกอบด้วยสามขั้นตอน: ไอดี การบีบอัด และไอเสีย เพลาข้อเหวี่ยงขับเคลื่อนด้วยมอเตอร์ไฟฟ้า ขับเคลื่อนครอสเฮด ลูกสูบ ก้านสูบ และลูกสูบเพื่อสับเปลี่ยนภายในกระบอกสูบ ก๊าซถูกบีบอัดโดยลูกสูบและระบายออกทางวาล์วในที่สุด
